McKenas Cole, un ancien agent du SD6 converti au terrorisme, et ses hommes prennent en otage tous les agents du SD6...

Sydney est choquée d'apprendre que sa mère était du KGB.Elle annonce à Vaughn qu'elle a l'intention de quitter le SD-6 et la CIA.Pendant ce temps,un groupe d'individus s'introduit dans les locaux du SD-6 et sans que personne s'en aperçoive,contrôle le bâtiment.Arrivant après,Sydney et Jack vont dans une salle du sous-sol et grâce à une caméra surveillance,voient que tout le monde est pris en otage.Pendant ce temps,Will décide d'arêter l'enquête malgrè les appels de son informateur et d'une lettre qu'il a reçu mais qu'il refuse d'ouvrir.Au SD-6,Sloane se fait torturé par Cole,le chef du groupe qui est un ancien agent,pour qu'il lui livre les codes du coffre du SD-6.Mais ouvrir ces portes provoquerait une explosion car le systéme de sécurité est enclenché alors Jack envoie Sydney chercher un brouilleur qui empêcherait Cole d'ouvrir la porte.Parallèlement,la fille de Mc Neil parvient à convaincre Will de continuer son enquête et il accepte.Il ouvre alors la lettre qui contient une clé.A la CIA,les supérieurs de Vaughn le font consulter une psy qui lui pose des questions sur sa relation avec Sydney.Cette dernière parvient à poser le brouilleur avant l'arrivée de Cole et ses hommes.Mais ils l'entendent dans les conduits d'aérations et commencent à tirer.Sydney ne sait plus où se mettre pendant que Cole envoie ses hommes dans les conduits.