Moscou: une boule de feu s’abat dans un parc de la ville.
La CIA découvre qu’il s’agissait d’un satellite, les Russes ont déclenché l’alerte nucléaire avant de s’en rendre compte. Echelon détecte une conversation entre Sark et Oransky, un colonel de l’armée russe qui a été renvoyé depuis peu. Il parle de ce qu’il s’est passé a Moscou et disent qu’il ne s’agissait que de la phase 1.

Sydney et Lauren se disputent violemment à propos de la mission puis Vaughn les arrête. Dixon envoie Sydney et Weiss à Mexico pour en apprendre un peu plus sur la phase 2 du plan de Sark. C’est Lauren qui doit résoudre l’affaire Lazarey, Marshall doit recréer une image du meurtre filmé grâce a une camera extérieure, de manière à identifier l’assassin : Sydney sur la vidéo! A Mexico, Sydney arrive à prendre des photos de l’échange entre Oransky et Sark et les entend évoquer un certain projet MEDUSE.

Elle se fait repérer et Sark et Oransky arrivent à s’enfuir. Elle s'en sort grâce à sa complicité avec Vaugn qui la guide par l'oreillette devant le regard hargneux de Lauren. La CIA découvre que le projet dont parlait Sark et Oransky est une arme servant à détruire les satellites depuis la Terre.
Cette arme se trouve sous le Ministère de la Recherche à Moscou dans un boomker. Sloane doit aider la CIA à faire entrer Vaughn et Sydney dans le ministère au cours d’une soirée alors que Lauren doit superviser la mission... Ils arrivent à entrer dans le boomker et découvre que Sark est déjà là. Ils détruisent l’arme et font exploser le boomker avec Oransky mais Sark leurs échappe une fois de plus.

Pendant qu’ils étaient à Moscou, Jack a fait fabriquer un virus pour que Marshall ne puisse améliorer l’image, il l'implante dans le bureau de Dixon juste à temps: la reconstruction de l’image est arrêtée avant que Sydney soit reconnaissable.