Sloane donne l'odre de kidnapper Neil Caplan, un mathématicien ganial, et la femme et le fils de ce dernier également. Sloane veut le voir assemble les 43 artefacts de Rambaldi pour créer une arme indestructibles et plus déstructrice que tout ce qu'il existe depuis la nuit des temps. Mais Sloane est poursuivi par Sydney jusqu'en Suisse. Là-bas, elle réussit à libérer la femme et le fils de Neil Caplan.
Parallèlement, alors que Marshall intègre joyeusement la CIA, Marcus Dixon ne veut plus entendre parler ni d'espionnage, ni de Sydney Bristow !