Après que Sloane ai décidé de quitter le SD6, un nouveau chef prend le contrôle. Il découvre alors qu'il savait que le père et la fille Bristow étaient des agens doubles. Il fait alors torturer Jack. Sydney, pour venir en aide à son père et les sauver desgriffes de l'Alliance, est obligée de dire tout elé vérité à Dixon sur le SD6, Sloane, la "vraie" CIA. En effet, Sydney ne pet retourner au SD6 cr, sinon elle se ferait capturée. Dixon est donc son seul espoir au sein même du SD6. Dixon est tourmenté, a plein de doutes. Malgré le fait qu'il en veuille énormément à Syd de lui avoir caché la vérité pendant si longtemps, il accepte de pirater le serveur du SD6 et d'envoyer les informations à la CIA. L'agence possède alors assez d'informations pour venir à bout de l'Alliance. Ils prenet alors la décision d'attaquer et de détruire toutes les cellules SD. Sydney et vaughn sont à la tête de l'équipe qui est chargée de détruire le SD6. Après avoir libérer Jack et emmener tous les agnts du SD, ils s'embrasent langoureusement et passionément dans les décombres.

Mais, alors que tout le monde ets content, on voit Sark téléphoner à sloane et lui dire exactement "La Phase Un ets terminée"... On peut le voir appemler ensuite une femme, Fran ou plutôt Allyson Doren, le double de Fran qui a pris la place de cette dernière après l'avoir assassinée.