Le FBI capture Sydney sur le mont Subasio mais elle a donc donner la preuve que ce n'est pas d'elle dont parle la prophétie. Jack avoue à Sydney qu'il vient d'apprendre que sa mère a sûrement survécu à son accident et que les organisations gouvernementales comme la CIA la cherche dans le but de déchiffrer la prophétie. Sloane envoie en mission Sydney car il est à la recherche de Khasinau. Sydney, elle, veut trouver sa mère mais Sloane lui apprend que Khasinau donnait les ordres à sa mère alors qu'elle était agent au compte du KGB. Elle se rend donc en Italie pour trouver la micro-puce contenant des informations sur Khasinau. Mais l'agent censé la lui donner est mort. C'est Noah Hicks qui le lui apprend lors d'un bal masqué. Ce dernier est aussi un agent du SD6 mais également un ex de Sydney. Ils trouvent le cadavre et la puce et reviennent à Los Angeles avec Dixon. Quand elle rentre, elle doit faire face à ses sentiments partagés envers Hicks, son père qui boit et Fran et Will qui ont découvert un billet d'avion pour Venise alors qu'elle devait être à Seattle. Puis, Sloane envoie encore Sydney en mission avec Hicks, cette fois en Russie pour voler des informations sur Khasinau et ses projets. Sydney et Hicks passent la nuit ensemble.