Pendant que Sydney est au Brésil, le DSR Department Special Research examine la ressemblance de Sydney avec le manuscrit de Milo Rambaldi. Cette organisation réussit à comprendre que le parchemin parle d'une prophétie. Ils arrêtent Sydney avec l'aide du NSA.
Elle doit passer de très nombreux examens pour le compte du DSR.
Pendant ce temps, au SD6, on apprend que l'Homme est en fait Alexander Khasinau, un maffieux.
Sloane veut lui déclarer la guerre mais au conseil de l'Alliance, il ne sait pas s'il aura la majorité. Il apprend par le chef du SD9, Edward Poole, que soit-disant, son ami Jean Briault est de mèche avec Khasinau. Il le tue donc pour espérer la majorité. Cependant il comprend après qu'il s'est fait avoir par Poole car celui-ci vote contre la guerre à Khasianau.
Sloane convainc Sydney de rendre visite à sa femme mourante. Cette dernière lui fait un discours qui persuade Sydney de se plier aux ordres du DSR. En effet, elle lui dit qu'elle aurait pu combattre sa maladie sans sa peur de découvrir son état.
Vaughn et Sydney se rendent au Vatican pour récupérer la clef permettant de comprendre la prophétie. Ils la trouvent et s'enfuient. Vaughn voulait inviter Syd au restaurant mais il ne peuvent pas car ils sont surpris entrain de dérober la clef.
Seulement le DSR avait déjà les moyens de comprendre le manuscrit. Sydney est arrêtée car, d'après Rambaldi, elle est la femme capable de détruire ce qui représente la puissance la plus grande.