Alors que Coulson a disparu depuis 36 heures, son équipe cherche par tous les moyens à le retrouver. Mais l'équipe doit compter sur Skye, évacuée de l'avion sous les ordres de l'agent Victoria Hand, pour agir de l'extérieur et retrouver Coulson, interrogé par les hommes du Clairvoyant sur le mystère de sa mort.