Trois semaines après la destruction des deux compagnies, Primatech et Pinehearst, ainsi que la mort d'Arthur Petrelli, nous retrouvons un Nathan assoiffé de vengeance bien décidé à convaincre le président des Etats-Unis et le gouvernement qu'il faut regrouper les personnes ayant des capacités, obligeant Claire, Ando, Hiro, Matt, Peter ainsi que Tracy à devenir des fugitifs.