Sydney peine à se remettre de l'explosion de l'usine, qui a tué, sous ses yeux, quatre agents de la CIA. Elle est d'autant plus choquée que le responsable de ce drame n'est autre que Dixon, membre du SD-6. A Los Angeles, Marshall comprend que le système informatique du SD-6 est piraté. Sloane soupçonne immédiatement que son service est infiltré. De plus, Sydney apprend que l'accident de voiture dans lequel sa mère est morte a été provoqué par un agent du FBI. Sur ce point, Jack n'apporte ni démenti, ni explication. De son côté, Will continue son enquête sur celle qui se prétend être Kate Jones...