Sydney est maintenant agent double pour le compte de la CIA et son agent de liaison est l'agent vaughn.
Sloane, le chef du SD-6, l'envoie avec Dixon en mission à Moscou : ils sont chargés de récupérer des fichiers volés sur des arsenaux nucléaires sovietico-américains. Sloane apprend qu'une bombe nucléaire datant de la guerre froide est cachée quelque part aux Etats-Unis. Sydney est chargée de la retrouver. Vaughn l'informe ensuite que le SD-6 a vendu la bombe à un trafiquant du nom de Ineni Hassan. La CIA la charge de la retrouver et de la détruire.