Un employé d'un chantier de fouille est retrouvé noyé avec un os de doigt dans la main. Dès qu'il apprend le lieu de la fouille, Hodgins pense tout de suite à un pirate, et demande à participer à l'enquête. Il est chargé de descendre dans le puit, à une profondeur jamais atteinte encore par les explorateurs. Il découvre le squelette entier, auquel l'os appartenait. Mais lorsque le squelette est volé alors qu'il se trouvait au labo, Booth et Brennan soupçonnent une affaire d'escroquerie.