Après les évènements liés à la cité Kree, de nouvelles menaces surgissent : le père de Skye qui cherche maintenant à se venger de Coulson pour avoir volé sa vengeance contre Whitehall, une alliance inquiétante qui se créée entre Ward et l'agent 33, pendant que Raina se bat avec sa transformation en quelque chose d'inhumain et cherche à se venger. Pendant de ce temps, Skye a des difficultés avec ses nouvelles capacités qu'elle ne contrôle pas et qui peuvent menacer la sécurité de ceux qu'elle aime. Au même moment, Bobbi et Mack commencent la phase suivante d'un plan qui pourrait avoir des répercussions importantes pour Coulson et son équipe, qui ignorent qu'une autre force mystérieuse se prépare contre eux. Et comme Hunter est forcé de faire le plus grand choix de sa vie, le directeur verra sa mission menacée.